Письмо Минфина России от 25.07.2016 N 03-11-06/2/43516

Организации на УСН при исчислении налога не учитывают полученные из бюджета субсидии
Предоставленные некоммерческим организациям из федерального бюджета средства относятся к целевым поступлениям, которые в доходы не включаются. Правило применяют налогоплательщики на УСН. При этом получатели целевых поступлений обязаны вести раздельный учет доходов (расходов).