Письмо ФНС России от 04.07.2016 N БС-4-11/11951@

В случае если организация заключила договоры аренды недвижимого имущества, расположенного на территории субъекта Российской Федерации, от использования которого выплачивает физическим лицам доходы, то сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом с таких доходов, подлежит перечислению в бюджет по месту учета организации — налогового агента в налоговом органе.
Налоговые агенты представляют отчетность (форма 6-НДФЛ и форма 2-НДФЛ) в налоговый орган по месту учета налогового агента — головной организации согласно пункту 2 статьи 230 Кодекса.
Если договоры аренды недвижимого имущества, расположенного на территории субъекта Российской Федерации, заключены с физическими лицами обособленным подразделением организации (уполномоченными лицами обособленного подразделения) от имени такой организации, то сумма налога подлежит перечислению в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения организации.
Соответствующая отчетность обособленного подразделения представляется в налоговый орган по месту учета обособленного подразделения.
Указанный порядок по перечислению налога на доходы физических лиц и по представлению формы 6-НДФЛ и формы 2-НДФЛ применяется независимо от места нахождения принадлежащего физическим лицам на праве собственности недвижимого имущества, сдаваемого в аренду.