Письмо ФНС России от 20.06.2016 N СД-4-3/10918@ В счете-фактуре по освобожденным операциям выделен НДС — покупатель имеет право на вычет.

Такой ответ дала ФНС на вопрос, касающийся услуг по обслуживанию воздушного судна, которые оказаны в российских аэропортах и воздушном пространстве РФ. Полагаем, вывод можно распространить и на иные операции, освобожденные от НДС в силу ст. 149 НК РФ.
В последние годы ФНС и Минфин дают подобные разъяснения, хотя ранее они считали иначе. Большинство судов с нынешним подходом ведомств согласны.
В новом письме ФНС также затронула вопрос о том, влияет ли на право получить вычет то, как продавец отразил в декларации суммы налога, предъявленные покупателю. Внесение их в строку 010 разд. 3 не является основанием для отказа покупателю в вычете. Однако, как следует из разъяснения, если продавец не проставит такие суммы ни в этой строке, ни в строке 030 разд. 1, инспекция может усмотреть признаки необоснованной налоговой выгоды и с вычетом возникнут проблемы. В рамках контрольных мероприятий будет устанавливаться, уплатил продавец налог или нет.