Письмо ФНС РФ от 5 октября 2016 г. N БС-4-11/18870@ о перечислении НДФЛ по обособленным подразделениям

При наличии нескольких обособленных подразделений в одном муниципальном образовании на территориях, подведомственных разным налоговым органам, организация может быть поставлена на учет налоговым органом по месту нахождения одного из подразделений, определяемого этой организацией самостоятельно (абзац третий пункта 4 статьи 83 НК). То есть на такой случай установлено право выбора постановки на учет организации по месту нахождения одного из обособленных подразделений.
Налоговые агенты — российские организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы НДФЛ в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения (пункт 7 статьи 226 Кодекса). Такие налоговые агенты представляют расчет 6-НДФЛ в отношении работников обособленных подразделений в налоговый орган по месту учета подразделений. Таким образом, обязанность налоговых агентов представлять 6-НДФЛ в налоговый орган по месту своего учета корреспондирует с обязанностью налоговых агентов уплачивать налог, удержанный у налогоплательщика, в бюджет по месту учета налогового агента в налоговом органе.
Если организация встала на учет в налоговых органах по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения, суммы НДФЛ, исчисленного и удержанного с доходов работников таких подразделений, должны быть перечислены в бюджет по месту учета каждого такого подразделения. Кроме того, расчет по форме 6-НДФЛ, заполненный по каждому обособленному подразделению, должен быть представлен по месту учета каждого обособленного подразделения.
Если организация, имеющая несколько обособленных подразделений в Москве, на территориях, подведомственных разным налоговым органам, поставлена на учет в соответствии с пунктом 4 статьи 83 НК по месту нахождения одного из таких обособленных подразделений, определенного организацией (с присвоением только этому обособленному подразделению КПП), то НДФЛ, исчисленный и удержанный с доходов работников всех обособленных подразделений, находящихся в Москве, может быть перечислен в бюджет по месту учета такого обособленного подразделения. При этом расчет 6-НДФЛ заполняется налоговым агентом в отношении работников всех подразделений, находящихся в Москве, с указанием КПП ответственного подразделения, должен быть представлен по месту учета этого ответственного подразделения.